En el 2005 con la propuesta de trabajo entre las licenciaturas de Lengua Castellana y Matemáticas a través del grupo de investigación interdisciplinaria en Pedagogía del Lenguaje y las matemáticas (GIIPLYM) se inicia un trabajo conjunto que une las propuestas de ambos proyectos curriculares en torno a la formación, la investigación y la extensión en función de la configuración de un Proyecto académico que atendiera la necesidad sentida por la comunidad académica de la Universidad Distrital en torno a la formación de educadores para el Distrito Capital y para el país, los cuales puedan ofrecer formación escolar específica, desde las diversas áreas de conocimiento científico a las poblaciones con Necesidades educativas especiales.
En el año 2006 desde la licenciatura de Lengua Castellana se diseñó la electiva: "Formación de maestros para poblaciones con NEES" inicialmente a cargo de la profesora Adriana Ayala y la electiva se ha ofrecido de manera continua por el Proyecto Académico desde entonces. Esta se propuso como una forma de apoyo a la formación de los estudiantes que en sus prácticas académicas tenían estudiantes con discapacidad y como alternativa para estudiantes de otros proyectos curriculares interesados en el campo de la discapacidad.
A través de la licenciatura en Educación Básica con énfasis en Matemáticas se inició en el año 2006 la electiva "Lengua de señas colombiana niveles I y II" inicialmente a cargo del profesor Manuel Orjuela y desde el año 2016 lo ofrece El Proyecto de Licenciatura en Lengua castellana. Este Proyecto también facilitó la adscripción del curso de "Mediaciones semióticas y culturales para la comunicación en el aula con población ciega". Esta última realizada por un equipo interdisciplinar e interinstitucional conformado por funcionarios del INCI y profesores de las licenciaturas en Lengua Castellana y en Matemáticas.
En enero del año 2007 los dos programas de licenciatura, en referencia, concretan una línea de formación e investigación en el campo de la educación para poblaciones con necesidades educativas especiales denominada: "Educación para poblaciones con necesidades educativas especiales".
En el año 2008 el Proyecto cuenta con dos fases de desarrollo: La primera de ellas correspondió al diagnóstico y a la formulación del proyecto académico, para lo cual se dispuso un año (2007-II a 2008-I). La segunda, es referente a la institucionalización y ejecución de la propuesta, para lo cual se contempló una duración de tres años, como mínimo (2008-II a 2011-II).
En primer semestre del año 2009 se realizó un Consejo de Facultad ampliado a coordinadores de los proyectos curriculares con las docentes Dora Inés Calderón y Diana Patricia García Ríos (16 de julio de 2009). Las docentes presentan y justifican la importancia de incluir en el plan de estudios de todos los proyectos curriculares dos (2) créditos obligatorios que complementen la formación de los estudiantes en el campo de las Necesidades Educativas Especiales. En esa sesión de Consejo de Facultad se otorgan dos (2) créditos obligatorios en la formación transversal de los estudiantes de toda la Facultad.
En el año 2010 se obtuvo a través de la Resolución (No. 009 de junio 23 de 2010) el Reconocimiento de Funcionalidad Académica del Proyecto y la adscripción a la Facultad de Ciencias y Educación.
En el año 2021 a través de la Resolución (No. 010 de marzo 19 de 2021 - Consejo de Facultad de Ciencias y Educación) se modificó el nombre del Proyecto, quedando de la siguiente manera: Proyecto Académico Transversal de formación de profesores en Nuevas Experiencias Educativas Incluyentes y Solidarias - NEEIS. También se reconoce la funcionalidad del Proyecto en el cumplimiento de las funciones misionales de la universidad y se le vincula al Plan Estratégico de Desarrollo 2018-2030.